El 22 de marzo de 1986, la Congregación para la Causa de los Santos, concede el “Nihil Obstat” para iniciar el proceso Arquidiocesano.

El 6 de junio de 1986, el Sr. arzobispo de Quito, Mons. Antonio González Zumárraga, emite el Decreto de aprobación para el inicio de la causa y da a conocer la conformación del Tribunal Arquidiocesano. Sus miembros son: Mons.  Antonio González, Arzobispo de Quito, presidente, Mons. Gustavo Naranjo, Promotor de la Justicia, Mons.  Julio Espín, y Mons.  Gilberto Tapia Jueces; el R.P. Julián Bravo S.J. asume la responsabilidad de Postulador de la Causa y el Rvdmo. Sr.  Héctor Soria, Notario Actuario.

5 años y más de 55 sesiones requirió el Tribunal para cubrir todos los requisitos, testimonios y demás documentos, relativos al Proceso Arquidiocesano de Canonización de la Sierva de Dios que concluyó el 13 de diciembre de 1991, con la sesión de clausura en la catedral de Quito, en una solemne Eucaristía presidida por Monseñor Antonio González Zumárraga, arzobispo de Quito. en la cual entrega el proceso al R.P. Julián Bravo S.J.  para que lleve a Roma a la Congregación para la Causa de los Santos.

El 18 de mayo de 1992 la comisión conformada por el R.P. Postulador Julián Bravo S.J. el Lic.  Francisco Salazar Alvarado, Madre Lucia Antonia Arteaga Durán, Superiora General del Instituto y Hna.  Eva Judith Luzuriaga, viajan a Roma para la entrega del trasunto del Proceso en el Dicasterio para la Causa de los Santos.

El 8 de junio de 1992, el Prefecto de la Sagrada Congregación para la Causa de los Santos Mons. Antonio Casiere, Canciller y Abogado de este Dicasterio, realizó la apertura del Proceso de Beatificación y Canonización de la Sierva de Dios María Francisca de las Llagas en una ceremonia reservada y sencilla, en la sala del archivo de la Cancillería. Se la inscribió con el nombre completo “MARIA FRANCISCA DE LAS LLAGAS” considerada como “LA MUJER NUEVA EN LA IGLESIA”.

el 20 de octubre de 1992 viajan a Roma 4 Hermanas a fundar una Comunidad; entre ellas la Hna. Nieves Carrión con el encargo del proceso de la Causa en Roma.

El 4 de junio del 2001, entrega de la Biografía Documentada, elaborada por el Padre Vice-Postulador Julián Bravo S.J. y aprobada en Roma, para que las religiosas del Instituto se compenetraran de la espiritualidad de la Sierva de Dios María Francisca de las Llagas.

El 17 de julio de 2001, entrega de la POSITIO elaborada por el R.P. Julián Bravo S. J.  a la Congregación para la Causa de los Santos, para el estudio por los miembros del Dicasterio de acuerdo a las normas de la Iglesia. El R.P. Daniel Ols, O.P. Relator de la Causa, realizará la defensa.

En enero del 2011 la Madre General y su Consejo, solicitan al Rvdo. Padre Provincial de los Padres Jesuitas en nombre del Instituto, la ayuda de un sacerdote para que asumiera los trabajos de la Causa de la Madre María Francisca de las Llagas, en vista de que el R.P. Julián Bravo había fallecido. Con mucha comprensión indicó que el que podría ayudar era el R.P. José Benítez S.J. quien llevara también la causa del R.P. Emilio Moscoso S.J.

En febrero del 2012 el Rvdo. Padre Postulador de Roma R.P. Gianni Califano, envía el nombramiento oficial de Vice-postulador al Rvdo. Padre José Benítez S.J.

En el año 2012 la Comisión de Teólogos realizaron el estudio de las virtudes heroicas de la Sierva de Dios María Francisca de las Llagas Cornejo, aprobándolo por unanimidad.

El 20 de diciembre del 2012, el Papa Benedicto XVI, aprueba la heroicidad de las virtudes de la Sierva de Dios y le proclama VENERABLE.

La Hna. Aida Cisneros Hidalgo, QDDG, dio un aporte valioso en el proceso Arquidiocesano, en calidad de secretaria del R.P. Julián Bravo S.J. Postulador de la causa, y la redacción de varias publicaciones sobre la vida, espiritualidad y carisma de la Sierva de Dios.

El 30 de abril del 2015, previa solicitud enviada en nombre del Instituto de Hermanas Franciscanas por el Sr. arzobispo de Quito Mons. Fusto Trávez, al Emmo Sr.  Cardenal Ángelo Amato, Prefecto de la Congregación para la Causa de los Santos, para la Exhumación de los Restos mortales de la Venerable Sierva de Dios María Francisca de las Llagas Cornejo y para su traslado al Santuario Eucarístico en Cununyacu (Tumbaco). Una vez concedida la licencia respectiva, el Sr.  Arzobispo nombró como su delegado para este acto a Mons.  Danilo Echeverria, Obispo Auxiliar de Quito, otorgándole a la vez el instructivo para su aplicación en la Exhumación y reconocimiento de los Restos mortales de un Siervo de Dios, enviado desde la Santa Sede.

Entre los invitados y testigos del acto estuvieron presentes el R.P. Postulador Gianni Califano O.F.M.  El R.P. José Benítez S.J. Vice-postulador de la Causa, Sacerdotes, Familiares y miembros del Instituto además del equipo técnico conformado por 2 médicos forenses y obreros manuales.

Destacada y digna de reconocimiento fue la participación del Sr. José de Jesús Mendoza Jiménez quien con suma diligencia cuido de todos los detalles concernientes al acto, preparando al equipo técnico con antelación y procurando todos los utensilios requeridos para el mismo, realizando el boceto para la ceremonia de Exhumación y fungiendo como maestro de ceremonias. Siendo además él mismo quien diseñó   y supervisó el proyecto del Mausoleo donde actualmente reposan los restos de la Venerable Sierva de Dios.

Después de 2 días de permanecer entre sus hijas, en la Casa Generalicia, los restos mortales de la Venerable Sierva de Dios fueron trasladados al Santuario Eucarístico y colocados en el Mausoleo, tras una solemne Eucaristía celebrada el 2 de mayo.

Con el fin de promover la causa de la Venerable, la comunidad del Colegio Alvernia dirigida por Hna. María del Socorro Bravo Santillán, fue comisionada para la realización del Museo María Francisca de las Llagas ubicado al interior del Santuario Eucarístico, ejerciendo el oficio de museógrafo el Sr.  José de Jesús Mendoza Jiménez. Museo que fue inaugurado el 2 de mayo del 2015.

Después de presentar su renuncia al cargo de Vice Postulador el R.P. José Benítez S.J. en el mes de enero del 2019 fue invitado a colaborar el Sr.  José de Jesús Mendoza Jiménez quien ya antes había colaborado de forma activa y eficaz en la Causa. Llegando al Ecuador para desempeñar el cargo de Vice-Postulador, el 19 de febrero del 2019.

El 25 de marzo del 2019 se bendice e inaugura la VICE-POSTULACION; oficinas y departamento restaurado y amoblado gracias al empeño y dedicación de la Hna.  María del Socorro Bravo, ubicado al interior del Santuario Eucarístico con el fin de albergar al Vice-Postulador y lo concerniente a la Causa.

El 16 de noviembre del 2019, Destacada fue la participación del Instituto de hermanas Franciscanas en la Beatificación del R.P.  Emilio Moscoso S.J.  Mártir de la Eucaristía. En el sacrilegio acaecido el 4 de mayo de 1897 en la Ciudad De Riobamba, y destacada también la participación del Vice-postulador y las comisiones que contribuyeron para atender los encargos realizados por los R.P.  Jesuitas. Siendo el mismo Vice-postulador quien diseñó y supervisó la realización de los relicarios que contendrían las reliquias del nuevo Beato con el apoyo de una comisión de Hnas., situación que le valió al Instituto ser encargado de hacer la colocación de las mismas. Oficio que desempeñó una comisión nombrada para dicho acto y coordinada por el mismo Vice-Postulador.